Юнкер народився у місті Реданж. Його батько, який воював у Другій світовій війни після того, як був насильно завербований до Вермахту, був сталеваром і членом Конфедерації християнських профспілок. Юнкер навчався у Бельгії, перш ніж повернутися в Люксембург. Приблизно в той же час, у 1974, він вступив у Християнсько-соціальну народну партію. Юнкер продовжував вивчати право у Страсбурзькому університеті, де він отримав ступінь магістра права у 1979. Хоча він був приведений до присяги у палаті люксембурзької адвокатської ради у 1980, він ніколи не практикував як юрист.
Незадовго до виборів 1989, Юнкер був серйозно травмований у ДТП і провів два тижні в комі. Тим не менше його знову було обрано до Палати депутатів і він отримав посаду міністра фінансів. В цей час Юнкер отримує посаду керуючого Світового банку від Люксембургу.
Жан-Клод Юнкер вважається одним із архітекторів Маастрихтського договору. У 2004 розглядався як імовірний кандидат на посаду голови Європейської комісії.
19 листопада 2014 року у Європейському парламенті було ініційовано розгляд питання про недовіру Юнкеру 76 депутатами через звинувачення у його причетності до фінансових махінацій, коли він обіймав посади прем'єр-міністра та міністра фінансів Люксембургу.[3]
29 серпня 2017 року, будучи головою Європейської комісії заявив, що Україна не є європейською країною в сенсі її членства в Європейському союзі та закликав подумати про покращення відносин з Росією, зазначивши, що це залежить від обох сторін і від цього залежить безпечне майбутнє ЄС. «Наразі у світі тривають 60 воєн, жодної з них в Європі. Окрім України, яка не є європейською країною в сенсі її членства в Європейському Союзі. Я знаю, що мій друг Порошенко кілька днів тому сказав, що Україна — це Європейський союз, але насправді, на цей момент це не так» — йшлося в заяві Юнкера в Брюсселі[6].
Орден князя Ярослава Мудрого I ст. (Україна, 11 травня2019) — за визначний особистий внесок у поглиблення відносин між Європейським Союзом та Україною, підтримку незалежності та територіальної цілісності України, сприяння суспільно-політичним та соціально-економічним реформам в Україні[7]